De suas 13 participações na Série B desde a década de 1980, a melhor temporada do Botafogo ocorreu em 1998, quando o Pantera foi vice-campeão e conquistou o acesso à Série A do Campeonato Brasileiro de 1999. Neste sábado (27), às 11 horas, em Santa Cruz, em sua 14ª disputa na divisão, o clube retorna contra o Vitória-BA, após 17 anos – não disputa a competição desde 2002, quando chegou em 22º lugar e foi rebaixado para Série C.
Após sete anos sem ser realizada, porque os campeonatos estaduais eram classificatórios para o Brasileiro da Série A, que chegou a contar com quase 100 equipes, a Série B voltou no ano de 1980 com o nome de Taça de Prata. O Campeonato Brasileiro da Série B daquele ano foi disputado por 64 equipes, entre elas o Botafogo, que conquistou a quarta colocação.
Nos anos 80, o Botafogo esteve sete vezes na Série B, década na qual o clube participou com maior frequência na Segunda Divisão do futebol brasileiro. Acumula mais cinco participações nos anos 1990, isto porque o classificatório para a B de 1994 foi a Terceira Divisão do futebol brasileiro, disputada no segundo semestre de 1993.
Por causa do acesso de 12 clubes na segunda divisão de 1992, a Série B de 1993 foi cancelada. Como oito clubes cairiam para a segunda divisão em 1994, havia a necessidade de se indicar os outros 16 clubes para a Segunda Divisão. Não houve campeão, sendo que a competição se assemelhou muito à Terceira Divisão. Cada conjunto de estados tinha direito a um determinado número de vagas para a Série B de 1994, e a partir disso cada localidade fez o seu regulamento.
Assim, o Tricolor do Santa Cruz permaneceu nos anos de 1994, 1995 e 1996 na Série C, retornando à B no ano seguinte, depois da conquista do vice-campeonato. Em 1998, o Botafogo chegaria novamente à Série A do Brasileiro, mas acabou rebaixado no ano seguinte, em 1999.
Já nos anos 2000, o clube teve duas participações na Série B, uma delas no Módulo Amarelo, em 2000, e retornou à Série A em 2001, porém permaneceu apenas por uma temporada na elite do futebol brasileiro, retornando à B em 2002 e, de lá, caiu para a Série C.
O campeonato que terá início neste sábado contará com a participação de 20 equipes e 38 rodadas. As novidades deste ano são Sport-PE, Vitória-BA, América -MG e Paraná-PR, que foram rebaixados da Série A de 2018, além de Operário-PR, Cuiabá-MT, Botafogo-SP e Bragantino-SP, que subiram da Série C.